Virus Ninja 2 est un jeu de réaction dans lequel le joueur doit frapper comme un ninja pour tuer les virus. Les virus flottent à travers l'écran. Les joueurs peuvent faire glisser la souris ou passer leur doigt sur les virus pour les couper en deux et les faire éclater. Le but du jeu est de tuer autant de virus que possible. Les joueurs peuvent gagner du temps supplémentaire et rassembler des médicaments pour aider à combattre les virus, mais ils ne doivent pas hacher les bombes.